การฟื้นฟูแนวหญ้าทะเลนั้น มีความสำคัญซึ่งควรดำเนินการควบคู่ไปกับการอนุรักษ์ ปัจจุบันมีการย้ายปลูกหญ้าทะเลทั้งในพื้นที่เดิมที่เสื่อมโทรมและในพื้นที่ใหม่ ที่ไม่เคยมีหญ้าทะเล การย้ายปลูกคือวิธีการที่ใช้ในการย้ายหญ้าทะเลไปปลูกในบริเวณที่เคยมีหญ้าทะเลปรากฏมาก่อนแต่ได้สูญหายไป เนื่องจากผลกระทบจากการกระทำของมนุษย์หรือธรรมชาติ หรือการปลูกหญ้าทะเลขึ้นใหม่ในพื้นที่ที่มีความเหมาะสม นอกจากนี้ยังมีปัจจัยอื่นๆที่จะช่วยสนับสนุนให้การฟื้นฟูแหล่งหญ้าทะเลประสบความสำเร็จ อย่างเช่น การให้ความรู้ความเข้าใจแก่ชุมชนในการดูแลทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง การสร้างชุมชนให้เข็มแข็งสร้างความตระหนักถึงความสำคัญของหญ้าทะเล การสร้างความร่วมมือระหว่างชุมชนกับภาครัฐในการจัดการทรัพยากรธรรมชาติร่วมกัน และการควบคุมการใช้เครื่องมือประมงที่ทำลายแหล่งหญ้าทะเล โดยหลักการที่ถูกต้องคือควรปล่อยให้หญ้าทะเลฟื้นตัวตามธรรมชาติ เพราะระบบนิเวศหญ้าทะเลสามารถฟื้นตัวได้เร็วและใช้แนวทางการบริหารจัดการเชิงพื้นที่ โดยลดภัยคุกคามที่มีผลทำให้หญ้าทะเลเสื่อมโทรม ทั้งนี้การเพาะเลี้ยงหญ้าทะเลสามารถทำได้โดยการเก็บเมล็ดของหญ้าทะเลมาเพาะให้เจริญเติบโตพอสมควรและมีรากที่สมบูรณ์ แล้วจึงนำไปปลูกในที่ที่เหมาะสม ซึ่งควรให้เมล็ดพันธุ์หญ้าทะเลมีการเจริญแพร่พันธุ์ในแหล่งเดิมตามธรรมชาติด้วย นอกจากนี้หญ้าทะเลจะเจริญเติบโตอย่างสมบูรณ์มากในบ่อดินที่ใช้เป็นบ่อพัก น้ำทะเล หรือในบ่อดินที่เป็นบ่อกุ้งหรือสัตว์น้ำอื่นๆ สำหรับระบบนิเวศหญ้าทะเลนั้นสามารถช่วยลดความเร็วของกระแสน้ำ ลดความแรงของคลื่นและยังช่วยลดการฟุ้งกระจายของตะกอนให้เกิดขึ้นน้อยลง ซึ่งมีส่วนในการช่วยรักษาสภาพแวดล้อมให้คงทนรวมทั้งลดการพังทลายให้เกิดน้อยลงด้วย จะเห็นได้ว่า หญ้าทะเลมีประโยชน์เป็นอย่างมากในการป้องกันภัยธรรมชาติ อีกทั้งยังช่วยดูดซึมสารอาหารที่มีอยู่ในน้ำทะเลซึ่งจะส่งผลดีช่วยทำให้น้ำทะเลมีคุณภาพดีขึ้นและเหมาะกับการนำไปใช้ในการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำวัยอ่อน และยังเป็นที่หลบภัยและแหล่งอาหารที่ดีให้กับสัตว์น้ำเหล่านี้ได้อีกด้วย