ในอดีตการจัดการและอนุรักษ์ทรัพยากรปะการังและป่าชายเลน ได้รับความสนใจมาก แต่ในเรื่องของหญ้าทะเลยังได้รับความสนใจน้อย อาจเป็นเพราะนักวิจัยด้านทรัพยากรหญ้าทะเลในประเทศไทยขาดแคลน ทำให้มีข้อมูลพื้นฐานอยู่น้อย แม้จะได้มีการศึกษาเรื่องหญ้าทะเลอยู่บ้างก็ตาม ภายใต้โครงการ ASEAN-Australia: LCR ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2527 ต่อมาโครงการ UNEP GEF Project ในปี พ.ศ. 2545 ซึ่งเป็นโครงการในระดับภูมิภาคทะเลเอเชียตะวันออก ดำเนินการโดยกองทุนสิ่งแวดล้อมโลก เพื่อจัดทำโปรแกรมยุทธศาสตร์การจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมทางทะเลและชายฝั่งของภูมิภาคและสนับสนุนให้มีการประสานความร่วมมือในการแก้ไขปัญหาร่วมกัน รวมถึงเสริมสร้างศักยภาพการจัดการแบบบูรณาการในกลุ่มประเทศประกอบด้วย ราชอาณาจักรกัมพูชา สาธารณรัฐประชาชนจีน สาธารณรัฐอินโดนีเซีย มาเลเซีย สาธารณรัฐฟิลิปปินส์ ประเทศไทย และสาธารณรัฐสังคมนิยมเวียดนาม โดยมีประเด็นทรัพยากรหลัก ดังนี้ ป่าชายเลน ปะการัง หญ้าทะเล พื้นที่ชุ่มน้ำ มลพิษจากแผ่นดิน และประมง ในโครงการดังกล่าวได้สรุปสถานภาพของทรัพยากรต่างๆ รวมถึงปัญหาผลกระทบที่เกิดขึ้น และได้มีการเสนอพื้นที่สาธิตเพื่อการทดลองร่วมกันบริหารจัดการแบบบูรณาการ ในช่วงแรกของการดำเนินโครงการด้านหญ้าทะเลก็ได้มีการประชุมร่วมระหว่างหน่วยงานต่างๆ รวมถึงองค์กรเอกชน กลุ่มชาวบ้านในพื้นที่ และหน่วยงานราชการ ในการให้และรวบรวมข้อมูลในระดับหนึ่ง เฉพาะพื้นที่ในอ่าวไทย เพื่อกำหนดร่างแผนการจัดการแหล่งหญ้าทะเลระดับชาติต่อไปเพื่อการใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืนต่อไป
อย่างไรก็ตามในช่วงประมาณปี พ.ศ. 2534 ทางฝั่งทะเลอันดามัน โดยเฉพาะบริเวณหาดเจ้าไหม เกาะตะลิบง จังหวัดตรัง และบริเวณบ้านป่าคลอก จังหวัดภูเก็ต ได้มีการจัดทำแผนอนุรักษ์หญ้าทะเลขึ้นโดยองค์กรเอกชน กลุ่มชาวบ้านในพื้นที่ และหน่วยงานราชการของจังหวัด ได้ร่วมมือกันป้องกัน ดูแล มิให้มีการทำลายหญ้าทะเลจากเครื่องมือประมง แต่การเสื่อมโทรมของหญ้าทะเลบางแห่ง มีสาเหตุที่เกิดจากตะกอนในทะเลยังไม่สามารถที่จะหามาตรการมาหยุดยั้งได้ จึงเป็นเรื่องที่จะต้องศึกษาหาข้อมูลเพื่อวางแผนต่อไปในอนาคตทั่วโลกมีการตื่นตัวในการอนุรักษ์และจัดการแหล่งหญ้าทะเล โดยมีการจัดตั้งองค์กรอิสระ เครือข่ายระหว่างประเทศในการเฝ้าระวังติดตามผล ตรวจสอบสถานภาพของหญ้าทะเล เช่น Seagrass Net Seagrass watch ส่วนประเทศไทยเริ่มมีการอบรมสมาชิก เรื่อง การเฝ้าระวังหญ้าทะเลโดยการจัดการของภาควิชาชีววิทยา มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เมื่อต้นเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2549 ที่จังหวัดตรัง และในช่วง 2-3 ปี ที่ผ่านมา มหาวิทยายาลัยมหิดลและกรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง ได้เป็นแกนนำในการจัดทำแผนแม่บทหญ้าทะเลแห่งชาติ ซึ่งขณะนี้แผนแม่บทหญ้าทะเลฝั่งอ่าวไทยได้เสร็จเรียบร้อยแล้ว